在一個大莊園裏，有一個祕密的廢棄的花園，連門都找不到。一個名叫瑪麗的小女孩無意中從泥土裏挖出花園的鑰匙，並且找到了祕密花園隱藏的門。這個原本任性、暴戾的小女孩愛上了這個花園。她和佃戶的兒子，小男孩迪肯一起重新在花園裏栽花種草。迪肯是一個聰明活潑的男孩，能跟很多動物說話。後來，莊園主的兒子柯林也參與進來了，他是個多病、瘦弱、脾氣暴躁的小傢伙。他們在花園裏嬉戲，看着各種花草從地底下長出來，就像被什麼施了魔法一樣。花園裏長滿了玫瑰、龍膽花、常春藤、番紅花、木樨花、罌粟花、飛燕草，還有像鈴鐺一樣的鈴蘭，各種動物：狐狸、松鼠、羊羔、烏鴉和紅胸脯的知更鳥。一切都在陽光下茁壯成長，瑪麗和柯林去掉了所有討人厭的壞毛病，長成了漂亮的姑娘和健壯的小夥子。他們把這一切，都歸功於大自然的魔法。