小說的主人公是一位自稱名叫田村卡夫卡——作者始終未交代其真名——的少年。他在十五歲生日前夜獨自離家出走，乘坐夜行長途巴士遠赴四國。出走的原因是爲了逃避父親所作的比俄底浦斯王還要可怕的預言：爾將弒父，將與爾母、爾姐交合。卡夫卡四歲時，母親突然失蹤，帶走了比卡夫卡年長四歲、其實是田村家養女的姐姐，不知何故卻將親生兒子拋棄。他從未見過母親的照片，甚至連名字也不知道。彷彿是運命在冥冥之中引導，他偶然來到某私立圖書館，遂棲身於此。館長佐伯女士是位四十多歲氣質高雅的美婦，有着波瀾曲折的神祕身世。卡夫卡疑心她是自己的生母，佐伯卻對此不置可否。卡夫卡戀上了佐伯，並與之發生肉體關係。小說還另設一條副線，副線的主角是老人中田，他在二戰期間讀小學時，經歷過一次神祕的昏迷事件，從此喪失了記憶，將學過的知識完全忘記，甚至不會認字計數，卻獲得了與貓對話的神祕能力。中田在神智失控的情況下殺死了一個自稱焦尼·沃卡（Johnny Walker）、打扮得酷似那著名威士忌酒商標上所畫的英國紳士的狂人，一路搭車也來到此地。小說共分49章，奇數章基本上用寫實手法講述卡夫卡的故事，偶數章則用魔幻手法展現中田的奇遇。兩種手法交互使用，編織出極富強烈虛構色彩的、奇幻詭詰的現代寓言。佐伯是將這兩個故事聯結爲一體的結合點，而弒父的預言似乎最終也未能避免，因爲狂人焦尼·沃卡居然是卡夫卡生父喬裝改扮的，真正的兇手也並非中田……