《鶴驚崑崙》講述的是主人公江小鶴（成名後改號江南鶴，貫穿《寶劍金釵》、《劍氣珠光》、《臥虎藏龍》）少年遭遇家變、遭受欺凌、後矢志復仇的成長故事，及其與仇人孫女鮑阿鸞的愛情悲劇。

江小鶴之父江志升，爲陝南鎮巴縣崑崙派老俠鮑振飛（人稱鮑崑崙）的弟子。志升於鮑振飛門下學藝三年，武藝爲振飛三十餘門徒之冠。然因其武藝強於鮑振飛子鮑志霖，且恃武性傲，裝貌風流，引振飛不滿。振飛青壯年因其妻姦情而弒妻，遂痛恨好色姦淫，對徒衆中犯科者尤爲殘忍，雖癡情重戀而未犯禮禁者亦必殘之以後快。志升對振飛心懷憤懣，恃才而犯禁，誘裏鄰之妻，與鮑振飛師徒決裂，遭其率徒衆追殺。志升逃走，夜中復返家取銀錢。鮑振飛同其寵徒龍志騰、龍志起再度追擊，于山中殺江志升，拋屍山澗。

志升遺妻與二子江小鶴、江小鷺，小鶴時年十二，性頑悍無畏，振飛深恐，欲於野田殺之。小鶴爛漫無懼，以爲振飛欲與之戲，振飛遂不忍殺，反贈匕首與之。小鶴之姨夫志升之師兄馬志賢見匕首乃知鮑振飛心事，藏志升妻小於家中鐵鋪。二年後，小鶴於市井得知其父真實死因，攜匕首至鮑家欲殺振飛未果，振飛推罪於其寵徒龍氏兄弟，復以傳技誘之。受振飛安撫，小鶴爲其牧馬放豬，未嘗得武技之授，並飽受振飛子鮑志霖欺侮，然私戀鮑阿鸞，乃不忍離去。龍志騰、志起於川北受挫於閬中俠徐麟，遁入鮑家。小鶴於深夜潛入龍氏寢室，刺傷志騰，後得振飛徒魯志中護助南逃投閬中俠，欲學藝報仇。途中結友伍金彪、楊先泰、焦德春等人。後拜閬中俠府，陳復仇之志，與徐麟共赴鎮巴欲殺鮑振飛。閬中俠敗於鮑振飛後，命小鶴拜開封高慶貴爲師。小鶴舍鎮巴奔開封，於終南山子午鎮遇九華老人，九華老人查其心境悽慘，問知其仇怨，感其身世與志向，乃於暗中護送，顯輕功越秦嶺，施點穴斃盜寇。鮑志霖、葛志強等崑崙徒衆與秦嶺山中追殺小鶴，九華老人點殘鮑志霖、踩斷葛志強鋼刀，驚退諸兇。小鶴遂拜九華老人爲師，於九華山中學藝十年，乃下山尋鮑崑崙復仇。

鮑志霖、葛志強追殺江小鶴未果，回鎮巴與鮑振飛覆命。振飛得知小鶴隨九華老人而去，受驚昏厥。醒後悲愴曰己數十年江湖中行事過厲，晚年必遭江小鶴惡報，小鶴復仇之日，崑崙一派必瓦解。然其心強暴，不甘待斃，乃傾私祕拳刀技與徒衆共習練，欲以人數之衆縛強仇。十年操練乃使崑崙一時強盛，稱霸關中-陝南-川北，龍志起等益復恃強橫行。

越十年，小鶴自九華出，聲名漸起，徐徐赴鎮巴地。崑崙派自知危急，乃召集川陝豪強以待小鶴。長安城大雁塔下，葛志強子少剛嫉李鳳傑，言辱之，復以刀刃襲。鳳傑斷葛少剛臂，破崑崙衆人之圍。龍門俠紀君翊之孫紀廣傑助崑崙徒衆逐李鳳傑。鳳傑文武風流，折服紀廣傑。鳳傑復遇小鶴，互敬武藝人品，結爲盟兄弟。廣傑武藝超羣，鮑振飛欲借其斃小鶴，乃以孫女鮑阿鸞許之。阿鸞不勝悲，情牽小鶴舊誼，心憂崑崙厄運，愛恨糾纏，乃日日以刀斫少時與小鶴許約之槐樹。廣傑自負少年英俠，一時無匹，爲得阿鸞，乃欣然爲鮑崑崙役用，沿途留緝拿江小鶴之私令，欲激其出，與之鬥。小鶴途中隨之，於廣傑衣衫留字跡以譏之，復誘其至武當山與道士爭鬥。小鶴復念阿鸞，約之於長安灞橋，崑崙衆設伏欲擊之，小鶴殺傷數人乃逸。灞橋之役，崑崙驚悚。小鶴夜夜潛崑崙徒衆宿處，若來去無人境，崑崙徒衆一時惶恐。退敗途中，於秦嶺山中受胡立匪幫襲，阿鸞傷，被俘，小鶴救之。後阿鸞被鐵杖僧挾走。小鶴追殺鮑振飛龍志起，於川北通江殺龍志起，擄鮑振飛。伍金彪押振飛至川陝鄂交界的瘟神鎮，爲鐵杖僧所殺，僧解鮑振飛之縛，欲殺江小鶴，爲江小鶴所敗，啞俠暗中護小鶴，殺鐵杖僧。小鶴與九仙觀尋得阿鸞，遭鐵杖僧師姐道澄襲擊，敗道澄，與阿鸞訴衷情。阿鸞傷重不治，小鶴大悲，隨阿鸞靈柩歸鎮巴。見村口許約之樹刀痕歷歷，恨斯人已逝，不勝泫然。

後鮑振飛自殺，小鶴歸九華，乃成一代大家，與李慕白之父李鳳傑同駐江南。