背景設定在鍊金術相當發達的世界。
愛德華·愛力克和他的弟弟阿爾馮斯十分思念亡故的母親,爲了再次見到母親的微笑,而進行鍊金術中最大的禁忌“人體煉成”──亦即讓死者復活的煉成術──可是煉成失敗時的反彈效應,愛德付出“通行費”左腳、阿爾則失去全身。
爲救回弟弟,愛德犧牲自己的右臂作爲代價,將弟弟的靈魂固定在一副鎧甲上;而失去的右臂和左腿則由鋼製義肢“機械鎧”來替代,因此在取得國家鍊金術師資格時、大總統給予“鋼”的稱號,人們稱之爲“鋼之鍊金術師”。
大陸歷1911年,愛力克兄弟爲取回他們所失去的一切,開始踏上了旅程。